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Da in den letzten Jahren das Angebot von Sushi-Produkten in Sushi-Bars, japanischen Spezialitätenrestaurants etc. zugenommen hat, kam zwangsläufig auch die Frage nach den gesundheitlichen Risiken dieser Lebensmittelgruppe auf, deren Hauptanteil roher Fisch ist. Von Veterinäruntersuchungsämtern wurden deshalb Sushi-Zubereitungen sensorisch, mikrobiologisch, chemisch-physikalisch und parasitologisch untersucht. Es ergab sich dabei, dass über 70 % der untersuchten Sushi-Erzeugnisse in einem erfreulichen Zustand vorlagen. Sensorisch zeigten sich bei der Überprüfung der Produkte vor der Zubereitung keine Besonderheiten. Rund 83 % der Sushi-Produkte wiesen unbedenkliche Gesamtkeimzahlen auf. Doch zeigten die Untersuchungen auch, dass die Keimzahlen während des Zubereitungsprozesses schnell ansteigen. Das staatliche Veterinäruntersuchungsamt Krefeld kam somit zu dem Ergebnis, dass Herstellung und Verzehr von Sushi aus frischem oder gefrorenem Fisch kein Problem darstellt, wenn optimale hygienische Bedingungen eingehalten werden. Der verwendete Wasabi wirkt zudem auf natürliche Weise desinfizierend.
Ein weiteres gesundheitliches Risiko stellt der Befall der rohen Fisch-Produkte mit Parasiten dar. Nach japanischen Untersuchungen seien durch den vermehrten Verzehr von Sushi Wurmkrankheiten wie die Anisakiasis, der Befall mit dem Heringswurm, angestiegen auf landesweit einige hundert Fälle pro Jahr. Der Mensch nimmt mit dem Verzehr von Sushi die im rohen Fisch enthaltenen winzigen Wurmeier unbemerkt auf. Aus den Eiern schlüpfen im menschlichen Körper die parasitischen Würmer, die – je nach Art - im ausgewachsenen Zustand sich sogar unter der Haut entlangschlängeln und dort Hautreizungen hervorrufen oder (seltener) in die Lunge vordringen. Die Symptome können eventuell erst ein bis vier Jahre nach der Infektion auftreten, so dass die Betroffenen den Wurmbefall oft nicht mit dem Sushi-Verzehr in Verbindung bringen. Die Parasiten können jedoch mit Kälte (Tiefkühlen bei -20 °C während 7 Tagen oder 15 Stunden bei -35 °C), was in Japan bei den betroffenen Arten inzwischen üblich ist, abgetötet werden. Hierzu kann man anmerken, dass eben nicht alle Fischarten für den rohen Verzehr geeignet sind! Ungeräucherter Lachs und Heringe sind beispielsweise problematisch. Diese Problematik ist übrigens auch in Europa, nämlich bei den holländischen Matjes bekannt, auch diese dürfen daher heute nur noch aus zuvor tiefgefrorenem Fisch zubereitet werden.
Als problematisch sind auch bestimmte Algen einzustufen, mit denen die Sushi-Spezialitäten angereichert werden. Die iodreichen Algen bergen nämlich nach Ansicht von Ernährungsexperten gerade für die durch das hierzulande verbreitete Iodsalz bereits ausreichend iodversorgten Europäer gesundheitliche Risiken, denn die durch den Sushi-Verzehr aufgenommenen höheren Iodmengen können bei ihnen zu einer Überfunktion der Schilddrüse oder zu Hauterkrankungen führen. Auch die Autoimmunkrankheit Hashimoto-Thyreoiditis (chronische Schilddrüsenentzündung), welche besonders in Japan verbreitet ist kann dadurch verursacht werden. Diese Gefahr besteht für Erwachsene nur bei sowohl häufigem als auch ausgiebigem Verzehr von Sushi; kleinen Kindern sollte jedoch sicherheitshalber kein Sushi gegeben werden.
Werden den Sushi-Produkten etwa AFA-(Aphanizomen flos-aquae)-Algen, eine besondere Form von Cyanobakterien, zugesetzt, können Gifte, die von bestimmten Stämmen dieser Blaualgen gebildet werden, das menschliche Nervensystem angreifen und schädigen. Andere Cyanobakterien, die in nicht genügend gereinigten AFA-Algen mit enthalten sind, erzeugen leberschädigende Gifte, so genannte Microcystine.
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